Ko so januarja 1951 ustanovili UNHCR, je bil njegov cilj pomagati približno milijonu razseljenih civilistov v Evropi po drugi svetovni vojni. UNHCR naj bi po razrešitvi problema evropskih beguncev razpustili, to pa naj bi se po napovedih zgodilo v treh letih.
Prvi visoki komisar, ki je vodil UNHCR med leti 1951 in 1956, je bil Gerrit Jan van Heuven Godehart. Na svojem seznamu zaposlenih je imel 33 pomočnikov, v proračunu pa 300.000 dolarjev. Danes pa UNHCR s približno milijardo dolarjev v proračunu pomaga več kot 22 milijonom beguncev in razseljenih oseb po svetu. Zadnjih deset let UNHCR vodi Japonka Sadako Ogata.
