To naj bi se zgodilo takoj po izteku njegovega mandata v januarju. Milutinović naj bi sicer pričakoval, da bo zanj jamčila država, da bi lahko sojenje počakal na svobodi.
Haaško sodišče Milutinovića skupaj z nekdanjim jugoslovanskim predsednikom Slobodanom Miloševićem in drugimi visokimi političnimi in vojaškimi voditelji države obtožuje vojnih zločinov in zločinov proti človečnosti na Kosovu leta 1999.