Po njihovem je med najbolj spornimi določba, da leto 2023 ne bo nujno leto prenehanja delovanja elektrarne. S tem vlada pripravlja teren za delovanje NEK po izteku njene življenjske dobe leta 2023, kar je v nasprotju s skrbjo za varno delovanje in z aktualnim opuščanjem jedrske energije, ki ga je sprejela večina evropskih držav, med njimi Italija, Avstrija, nedavno pa tudi Nemčija. Zato Slovensko ekološko gibanje (SEG) in Zelena alternativa (ZA) pozivata državni zbor, da te pogodbe ne potrdi, temveč da sprejme sklep o čimprejšnjem zaprtju NEK in potrebni program za izvedbo zapiranja.
Z novo pogodbo je NEK spremenjena v družbo z omejeno odgovornostjo, kar pomeni, da gre tu tudi za omejeno odgovornost do škode, ki jo bo elektrarna povzročila okolju in ljudem. Poleg tega pa je povsem nesprejemljiva tudi določba, da je električna energija iz NEK prosta carin in zgrajena z javnimi sredstvi in velikimi subvencijami, hkrati pa predstavlja največje tveganje za prihodnost. Omenjena določba je po mnenju SEG namreč prikrita oblika škodljive prihodnje subvencije iz proračuna, medtem ko vlada druge porabnike subvencij opozarja, da se morajo subvencije nehati. Pogodba tudi določa, da za električno energijo iz NEK ne veljajo slovenski predpisi o trgu z električno energijo, s čimer bi atomska elektrika pridobila eksteritorialni status, ki je po mnenju SEG neopravičljiv.
Reševanje problema radioaktivnih odpadkov se s to pogodbo odlaga na konec življenjske dobe NEK, kar je od slovenske vlade naivno in neodgovorno, saj predstavlja prelaganje problemov na občino Krško. V SEG menijo, da bodo poznejše generacije Slovencev in Hrvatov, zlasti v bližnjem Zagrebu, živele v večji nevarnosti, da zbolijo za rakom, poleg tega pa bodo morali Slovenci iz proračuna plačevati za današnje nepremišljenosti vlade.