Kljub okrogli številki in še eni predstavi popolne premoči nad tekmeci pa Schumi tokrat ni bil v središču pozornosti. To mesto je pripadlo Alanu McNishu, ki je poskrbel za eno najdaljših, če že ne najdaljšo prekinitev kvalifikacij v zgodovini formule 1. V 36. minuti odločilnega treninga je Škot ob izhodu iz ovinka 130 R pri hitrosti več kot dvesto kilometrov na uro izgubil oblast nad svojo Toyoto in v silovitem trčenju prebil varnostno ograjo. Na srečo je ob pomoči varnostnikov takoj stopil iz dirkalnika in v prvem šoku na travi lovil sapo. Razsežnosti njegove nesreče so postale jasne šele ob pogledu na povsem razbit Toyotin dirkalnik in široko zel, ki je zevala v čvrsti ograji. McNishu, ki jo je odnesel le z nekaj udarci in odrgninami je življenje obvarovalo predvsem dejstvo, da je v ograjo priletel z zadnjim delom avtomobila: "V primeru takšnega trčenja, samo trdna konstrukcija dirkalnika ne zadostuje. Dirkač mora imeti tudi obilo sreče. Na srečo je bila danes ta na strani Škota," je trčenje komentiral predsednik mednarodne avtomobilistične zveze, Max Mosley. Kljub vsej sreči v nesreči pa dirkač Toyote, ki se na Japonskem poslavlja od formule 1 in verjetno tudi od dirkanja na sploh ni sedel v rezervni dirkalnik. Vseeno pa njegov čas, ki ga je dosegel v uvodnem delu kvalifikacij zadostuje za osemnajsto štartno mesto.
Sicer je bila končnica kvalifikacij, predvsem po zaslugi boljše forme McLarnovih dirkačev, nekoliko bolj izenačena, kot sicer. Tiste prave negotovosti pa ni bilo, saj je Michael Schumacher vedno, ko se je zdelo, da ga kdo vsaj približno ogroža, na izziv odgovoril s še hitrejšim časom. Na koncu je drugouvrščenega moštvenega tekmeca Barrichella prehitel za več kot štiri desetinke sekunde in, kar je še bolj odmevno, za dobro sekundo izboljšal najboljši lanski čas kroga v Suzuki: "Dosežek me pravzaprav ni presenetil, saj je naš letošnji dirkalnik izreden. Danes sem v hitrih S ovinkih vseskozi užival."
Tudi drugouvrščeni Brazilec je bil z nastopom zadovoljen, hkrati pa je priznal, da je bil Michael tokrat preprosto prehiter: "V zadnjem poskusu sem med vožnjo čez robnike izgubil nekaj časa. Toda šlo je za desetinko ali dve. Scbumacherja tudi brez teh napak ne bi mogel prehiteti."
David Coulthard je po obetavnem ameriškem nastopu še enkrat dokazal, da se srebrni, čeprav povsem na koncu sezone vračajo proti mestom, ki so jih zasedali v preteklosti, saj sta bila tako Škot kot Finec uvrščena pred Williamsovim dirkaškim dvojcem: "Seveda so cilj našega moštva zmage, toda v tem trenutku je tudi današnji dosežek, ko smo prehiteli Williams zelo obetaven. Zdaj nas čaka še veliko dela v zimskem obdobju, da se bomo lahko drugo leto približali tudi Ferrariju."
Z doseženim pa je bil več kot zadovoljen še en dirkač. Domačin Takuma Sato, je z maksimalnim tveganjem na veliko veselje domačih navijačev v zadnjih sekundah "ure resnice" dosegel svoj najboljši čas kroga in osvojil sedmi štartni položaj, pred moštvenim tekmecem Giancarlom Fisichello.