Po končani igralski karieri leta 2001 se je Milanič vrnil v Izolo in se posvetil delu z mladimi ter si v tem času pridobil PRO licenco. Podpisal je dveletno pogodbo. Njegov pomočnik bo Adrijan Fegic, ki je ekipo vodil v zadnjem delu prvenstva po odhodu Ivana Matkoviča, trener vratarjev bo Peter Trampuž. Že v ponedeljek (21. junija) bo Milanič vodil prvi trening, kajti Primorje se mora pripraviti na tekmovanje v pokalu UEFA. O svojih ciljih s Primorjem Milanič pravi: "Moji cilji v Ajdovščini so vsekakor visoki, predvsem kar se tiče gledalcev. Želim jim ponuditi dinamično, hitro, atraktivno igro. Tekme v okviru kvalifikacij za pokal UEFA jemljem kot del priprav za novo sezono," je povedal Milanič.