Krajišnik se zagovarja kot nedolžen.
Nekdanji predsednik parlamenta Republike srbske, ki se je udeležil tudi mirovnih pogajanj v Daytonu leta 1995, je obtožen genocida, zločinov proti človečnosti ter vojnih zločinov v obdobju od julija 1991 do decembra 1992 med vojno v BiH.
Obtožnica 59-letnega Krajišnika bremeni sodelovanja "v skupinskem zločinskem dejanju" med 1. julijem 1991 in 30. decembrom 1992, katerega cilj je bilo "delno uničenje" bosanskih Muslimanov in Hrvatov kot nacionalnih, rasnih ali verskih skupin na večjem delu ozemlja BiH, ki je bil kasneje priključen državi pod srbsko prevlado. Šlo naj bi predvsem za zločine na območjih krajev Bosanski Novi, Brčko, Foča, Vlasenica in Bratunac ter v taboriščih Omarska, Trnopolje in Keraterm.
Dve točki obtožnice Krajišnika na podlagi individualne odgovornosti in odgovornosti kot nadrejenega bremenita genocida ali sodelovanja v genocidu nad bosanskimi Muslimani in Hrvati. V štirih točkah pa je v okviru zločinov proti človečnosti obtožen pregona na politični, rasni ali verski osnovi, iztrebljenja, ubojev, deportacij in nečloveškega ravnanja, tožilstvo pa mu v eni točki obtožnice očita še kršenje vojnega prava in običajev.
Mednarodne sile v BiH (SFOR) so Krajišnika na podlagi obtožnice, ki jo je haaško tožilstvo vložilo 26. februarja 2000, aretirale 3. aprila tega leta na Palah nad Sarajevom in ga še istega dne predale predstavnikom haaškega sodišča. Na prvem nastopu pred sodiščem 7. aprila 2000 je obtoženi dejal, da se ne čuti krivega očitanih mu dejanj in napovedal, da se bo zagovarjal kot nedolžen. Krajišnik je bil sprva obtožen skupaj s Plavšićevo, nato pa so obtožnici ločili.
Sojenje Krajišniku naj bi se sprva začelo že 12. maja lani, vendar je bilo odloženo, potem ko je newyorška odvetniška zbornica suspendirala njegovega glavnega odvetnika Dejana Brašića, Američana srbskega rodu.
