Obtožnica haaškega tožilstva 53-letnega Stanišića bremeni sodelovanja v "skupnem zločinskem delovanju", katerega namen naj bi bil nasilni izgon nesrbskih prebivalcev z večjega dela Hrvaške in BiH ter njihovo vključevanje v novo državo pod srbsko dominacijo. Po poročanju beograjskih medijev je v Haag odpotoval tudi nekdanji predsednik ZRJ Zoran Ilić, ki naj bi v naslednjih dneh pričal na procesu proti nekdanjemu jugoslovanskemu predsedniku Slobodanu Miloševiću.
Srbska policija je 13. marca, dan po umoru srbskega premiera Zorana Đinđiča, Stanišića aretirala skupaj z ustanoviteljem in prvim poveljnikom enote za posebne operacije (JSO) Frankom Simatovićem Frenkijem, in sicer zaradi njunih domnevnih stikov s kriminalno združbo iz beograjske občine Zemun, obtožene sodelovanja pri atentatu na Điđjića.
Stanišić in Simatović tedaj še nista bila na seznamu ljudi, proti katerim je sodišče v Haagu vložilo obtožnice za vojne zločine, a sta bila omenjena v obtožnici proti udeležencem zločinskega združevanja, in sicer skupaj s Slobodanom Mloševićem, generali Veljkom Kadijevićem, Blagojem Adžićem in Ratko Mladićem ter vodilnima predstavnikoma srbske policije, Radmilom Bogdanovićem in pokojnim Radovanom Stojićićem. Na tem seznamu so bili še Milan Martić, Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, Željko Ražnatović Arkan in Vojislav Šešelj, ki je od februarja prav tako v priporu haaškega sodišča.
Glavna haaška tožilka Carla Del Ponte je vložila obtožnico proti Stanišiću in Simatoviću 1. maja, v javnosti so jo objavili pet dni kasneje, pristojne srbske oblasti pa so zatem obema podaljšali pripor. Simatović je v Haag odpotoval že 30. maja, Stanišić pa je moral zaradi hudih zdravstvenih težav najprej na operacijo.
Odvetniki so ves čas trdili, da oblasti Stanišiću in Simatoviću zaradi večmesečnega pripora, v katerem naj bi bila brez pravega razloga, niso omogočile prostovoljne predaje haaškemu sodišču. Nacionalni svet za sodelovanje s haaškim sodiščem pod vodstvom zunanjega ministra SČG Gorana Svilanovića je sredi maja sprejel sklep, da bodo oblasti obema priznale vse pravice, ki jih uživajo tisti, ki se prostovoljno predajo, vključno z denarnimi nadomestili zanje in njihove družine.
