Šainović je kot eden glavnih svetovalcev za varnostna vprašanja nekdanjega jugoslovanskega predsednika Slobodana Miloševića na kosovski obtožnici haaškega sodišča obtožen za vojne zločine nad civilnim prebivalstvom na Kosovu v začetku leta 1999. Poleg Šainovića in Miloševića sta na seznamu tudi nekdanji načelnik generalštaba jugoslovanske vojske Dragoljub Ojdanić in sedanji predsednik Srbije Milan Milutinović, na njem pa je bil tudi nekdanji srbski notranji minister Vlajko Stojiljković, ki je umrl v soboto, tri dni potem, ko se je pred poslopjem jugoslovanskega parlamenta s pištolo ustrelil v glavo.
Srbski premier Zoran Đinđić je izjavil, da bo do prvih izročitev Haagu najverjetneje prišlo konec aprila. Sicer je Ojdanić že napovedal, da se bo predal haaškemu sodišču, Milutinovića pa ščiti predsedniška imuniteta.
