Kot je pojasnil Aksjonenko, se je za odstop odločil, da bi pripomogel k normalnemu delovanju ruskih železnic. Povedal je še, da čuti moralno odgovornost za težave ruskih železnic. Proti njemu je rusko sodstvo sicer uvedlo preiskavo zaradi očitkov zlorabe položaja.
Ruski generalni tožilec Vladimir Ustinov ministrstvu za železnice očita "hude gospodarske prestopke, predvsem na področju davčnih dolgov". Ruski preiskovalci so že oktobra lani sporočili, da je Aksjonenko s "prekoračitvijo pooblastil državi povzročil škodo v višini prek 70 milijonov rubljev (2,6 milijona evrov)".
Aksjonenko je bil eden zadnjih ministrov v sedanji vladi iz kroga nekdanjega predsednika Borisa Jelcina: v času Jelcinovega mandata je bil podpredsednik vlade in je veljal za zaupnika finančnega mogotca Borisa Berezovskega, ki je zaradi obtožb o korupciji pobegnil iz Rusije.
