Gilligan je avtor prispevka, v katerem je BBC poročal, da je britanska vlada napihnila poročilo o iraškem orožju, da bi s tem med drugim upravičila napad na Irak.
Gilligan se je opravičil za napake v prispevku in pojasnil, da se je za odstop odločil na lastno pobudo. Ob tem je poudaril, da je bil BBC žrtev velike krivice. "Odstopam, ker želim zaščititi BBC. Sprejemam svoj delež krivde v krizi, ki je prizadela to organizacijo, a največji delež krivde leži na neuravnoteženih presojah sodnika Huttona," je pojasnil Gilligan. Na BBC-ju so potrdili odstop Gilliganov in poudarili, da je bilo to obdobje zanj zelo težko.
Gilligan je v jutranjem programu maja 2003 poročal, da naj bi britanska vlada napihnila poročilo o iraški grožnji pred napadom na Irak z obveščevalnimi podatki, za katere je vedela, da so pretirani in nezanesljivi.
Britanski sodnik David Hutton je v sredo objavil poročilo o okoliščinah smrti Davida Kellyja, ki so ga našli mrtvega 18. julija lani, teden dni potem, ko se je izvedelo, da je bil vir Gilliganove zgodbe. V poročilu je Hutton ostro kritiziral BBC zaradi nenatančnega poročanja ter dejal, da britanska vlada ali sam premier Blair niso odgovorni oz. niso vplivali na odločitev Kellyja, da stori samomor.
