Japonska je izročitev Fujimorija tudi doslej zavračala. Perujsko pravosodje pa je sedaj za Fujimorijem preko Interpola izdalo tudi mednarodno tiralico. Nekdanjega predsednika, ki se je novembra 2000 umaknil na Japonsko, obtožujejo večkratnega umora, dopustitve ugrabitev in povzročitve hudih telesnih poškodb. Gre za obtožbe iz 90. let, ko je v Peruju v bojih proti levičarskim upornikom Sendero Luminoso (Žareča pot) in drugim skupinam umrlo na tisoče ljudi.
Fujimori je med svojim predsedovanjem s pomočjo vodje tajne službe Vladimiroja Montesinosa Peruju vladal s trdo roko, v javnih institucijah pa je vladala tudi visoka stopnja korupcije. Kmalu po spornih volitvah leta 2000, ki naj bi jih dobil s prevaro, je moral Fujimori sestopiti z oblasti zaradi vse večjega javnega ogorčenja. Škandal je izbruhnil, ko so v javnost pricurljali video posnetki, na katerih je Montesinos dajal podkupnino nekemu perujskemu poslancu.
Fujimori je medtem odpotoval na obisk na Japonsko, od koder pa se potem ni več vrnil. Pred kratkim je sicer znova napovedal, da se bo vrnil v Peru in leta 2006 znova kandidiral za predsednika.