Vsi štirje obtoženci - Darko Njavro, Robert Suhadolnik, Simon Krejan, Andrej Podbregar - so imeli prvič možnost javnega zagovora, vendar je po branju obtožnice do besede prišel le Božidar Njavro, ki se je zagovarjal slabe štiri ure, za naslednjo obravnavo, ki bo 18. oktobra, pa je napovedal še najmanj triurni zagovor. Pojasnil je svojo stran zgodbe in Smolnikarja obtožil laganja, nekaj ostrih očitkov pa je izrekel tudi na račun predsednika države in na sedanjega pravosodnega ministra Bizjaka. Njavro poudarja, da je nedolžen in da se bo zadovoljil le z oprostilno sodbo.
Tožilstvo štirim obtoženim očita, da so takrat v sostorilstvu, naklepno Smolnikarju na grozovit način protipravno odvzeli prostost. Obtoženi prijetja Smolnikarja ne zanikajo, temveč nasprotno trdijo, da je do tega prišlo z vednostjo njihovih nadrejenih na ministrstvu, da so za to imeli vsa pooblastila, zaslombo v zakonu in da ni šlo za "solo" akcijo. Predsedujoča tričlanskega sodnega senata okrožna sodnica Silvana Vrebec je nadaljevanje glavne obravnave sklicala za 18. oktobra.
Zaradi razvpite in nikoli prav pojasnjene afere je bil še isti mesec, ko se je zgodila Depala vas, s položaja razrešen prvi slovenski obrambni minister Janez Janša.
Dolga pot do obravnave
Kljub temu da je od dogodkov v Depali vasi preteklo že nekaj časa, je zadeva na sodišče prišla šele lani. Obtožnico proti štirim pripadnikom obrambnega ministrstva, ki naj bi protipravno odvzeli prostost Smolnikarju - ta naj bi bil takrat tajni sodelavec policije -, je na ljubljansko okrožno sodišče 5. januarja lani vložil nekdanji vodja ljubljanskih tožilcev Gorazd Fišer. Zaradi zahteve odvetnikov obdolženih po izločitvi predsednika senata ljubljanskega okrožnega sodišča Mitje Šinkovca iz razlogov nepristranskosti sojenja ter bojazni, da bi bil kazenski postopek zaradi domnevnih sodnikovih "povezav" s predsednikom države podvržen političnemu vplivu, je bil začetek glavne obravnave preložen. Predsednik okrožnega sodišča je 11. decembra lani ugodil zahtevam štirih zagovornikov ter izločil Šinkovca.
Pripadnike obrambnega ministrstva, ki naj bi sodelovali pri domnevno protipravni Smolnikarjevi aretaciji, je policija že kmalu po dogodku ovadila, vendar pa do kazenskega pregona ni prišlo. Takratna vodja državnih tožilcev za posebne zadeve Barbara Brezigar je namreč leta 1996 - torej dve leti po dogodku v Depali vasi - zavrgla vse ovadbe, ki jih je na tožilstvo zoper domnevne osumljence naslovila policija. Brezigarjeva je namreč presodila, da ni nobenih razlogov za kazenski pregon zoper pooblaščene pripadnike slovenskih oboroženih sil. Oškodovanec Smolnikar je zato s pomočjo odvetnika Stojana Zdolška na ljubljanskem oddelku preiskovalnega sodišča zoper Darka Njavra, Andreja Podbregarja, Simona Krejana, Roberta Suhadolnika, Marka Pojeta, Dušana Mikuša ter Milivoja Turkoviča vložil zahtevo po uvedbi preiskave. Na njegovo pobudo je višje sodišče v Ljubljani v začetku 1999 uvedlo preiskavo. Po končani preiskavi pa je okrožno državno tožilstvo julija 1999 na pobudo Smolnikarjevega odvetnika prevzelo pregon prve četverice osumljenih, saj je ugotovilo, da za ostale tri ni zadostnih dokazov. Generalna državna tožilka Zdenka Cerar je takrat menila, da je vrhovna državna tožilka Brezigarjeva v zadevi Depala vas neupravičeno zavrgla kazenske ovadbe.
Sicer tožilstvo obtoženim očita, da so kot pooblaščene osebe ministrstva za obrambo 20. marca 1994 v večernih urah skupaj z Bojanom Hočevarjem in Boštjanom Otoničarjem (ki nista med obtoženimi) Milanu Smolnikarju protipravno odvzeli prostost. To očitano jim kaznivo dejanje naj bi storili na grozovit način, zanj pa je zagroženo do pet let zapora. Pri prijetju naj bi s puškinimi kopiti razbili stekli na obeh prednjih vratih Smolnikarjevega avtomobila, pri čemer naj bi bil Smolnikar ranjen. Neznanci, pri tem naj bi jima bila pomagala tudi obtožena Suhadolnik in Podbregar, naj bi nato Smolnikarja izvlekli iz avtomobila, ga zbili na tla in ga vklenili. Nato naj bi ga odpeljali na sedež VOMO, kjer so ga domnevno zadrževali do 21.30, nato pa ga odpeljali v Klinični center, kjer naj bi ga vojaške osebe še nekaj časa varovale.
Afera povzročila odhod SDS iz koalicije
Zadeva Depala vas ima dolgo zgodovino in je bila doslej deležna precejšnje medijske in politične pozornosti. Afera je posredno zaradi razrešitve Janše povzročila predčasni odhod Socialdemokratske stranke Slovenije iz takratne velike Drnovškove vladne koalicije v opozicijo ter v javnosti sprožila številna ugibanja in domneve ter različne interpretacije dogodkov oz. ozadij, ki naj bi pripeljali do usodnih dogajanj v Depali vasi.
