Vrhovno sodišče v obrazložitvi svojega sklepa pojasnjuje, da lahko na podlagi 35. člena zakona o kazenskem postopku skupno neposredno višje sodišče določi za postopek drugo stvarno pristojno sodišče na svojem območju, če je očitno, da se bo tako lažje izvedel postopek, ali če so za to drugi tehtni razlogi. V Popovičevem primeru pa je senat vrhovnih sodnikov menil, da pogoji za prenos pristojnosti na drugo stvarno pristojno sodišče niso podani, zato Matozovi zahtevi ni ugodil.
Osumljenčev zagovornik je na podlagi 35. člena zakona o kazenskem postopku predlagal, da vrhovno sodišče za postopek v tej zadevi določi drugo stvarno pristojno sodišče, izven območja Višjega sodišča v Kopru. Pri tem se je Matoz skliceval na sklep vrhovnega sodišča, s katerim je koprskemu županu odpravilo pripor in sklepa preiskovalnega sodnika in senata okrožnega sodišča v Kopru o odreditvi pripora označil kot pravno zmotna.
Ob tem pa dodal, da obravnavano zadevo ves čas spremlja javnost, tako preko medijev, kot tudi z zbiranjem in protesti občanov. Meni, da je s tem oteženo delo sodnikov okrožnega in višjega sodišča v Kopru in bi bilo postopek lažje izvesti pri drugem stvarno pristojnem sodišču. Poleg tega naj ne bi bilo zanemarljivo niti dejstvo, da je osumljenec župan Mestne občine Koper in je vsaka odločitev sodišča podvržena temu, da se lahko v javnosti izraža dvom v politično ozadje obravnavane zadeve.
Vrhovno sodišče v svoji obrazložitvi pojasnjuje, da Popovičev zagovornik v svoji zahtevi ni pojasnil, kako naj bi bil prenos krajevne pristojnosti utemeljen v zvezi s sklepom vrhovnega sodišča o odpravi pripora. Ob tem senat še pojasnjuje, da drugačna pravna presoja sodišča višje stopnje glede določenega pravnega vprašanja kot pravna presoja sodišča nižje stopnje ne more biti razlog za prenos krajevne pristojnosti. Že sam obstoj pravnih sredstev namreč predvideva, da so odločitve sodišč različnih stopenj lahko različne.
V zvezi z Matozovim mnenjem, da odziv medijev in javnosti otežujeta delo krajevno pristojnega sodišča, pa sodišče meni, da stanje v obravnavani zadevi ni takšno. V kazenskih zadevah, še posebej, če je ali naj bi bil kazenski postopek uveden zoper osebe, ki imajo javne funkcije, praviloma pride do zanimanja medijev in različnih odzivov javnosti.
Sodniki so pri opravljanju sodniške funkcije vezani zgolj na ustavo in zakon, zato tovrstne reakcije nanje ne morejo in ne smejo imeti vpliva, je še zapisano v obrazložitvi omenjenega sklepa. Nenazadnje odziv javnosti glede na odmevnost obravnavane zadeve ne bi bil manjši niti v primeru, če bi zadevo obravnavalo drugo stvarno pristojno sodišče, je še menilo vrhovno sodišče.
