Večina Izraelcev je pričakovala, da bo papež pri spomeniku Jad Vašem obsodil molk, s katerim sta Vatikan in Papež Pij XII. spremljala nacistične zločine med drugo svetovno vojno. Vendar Janez Pavel II. tega ni storil.
Papež je izrazil le globoko obžalovanje zaradi antisemitizma in preganjanja judov skozi zgodovino in dejal, da zločina nad judi med drugo svetovno vojno ne smemo nikoli pozabiti.
Izraelski premier Barak, ki je papeža pospremil k spomeniku, je dejal, da je Janez Pavel II. za spremembo odnosa katoliške cerkve do judovskega ljudstva storil več kot vsi njegovi predhodniki.
Papežev obisk v Jad Vašemu pa je tudi osebne narave, saj je bil na Poljskem rojeni Karol Wojtila kot mlad semeniščnik tudi sam priča nacističnemu preganjanju judov.
