
"Njegova smrt nas žalosti, toda v veri in zaupanju Bogu izražamo veliko hvaležnost, da nam ga je v svoji Previdnosti, s katero vodi Cerkev, dal v odločilnih časih preteklega stoletja," so zapisali predsednik Slovenske škofovske konference Franc Kramberger in ostali slovenski škofje. "Škofje v Cerkvi na Slovenskem smo papežu Janezu Pavlu II. še posebno hvaležni za številne izraze ljubeče skrbi in očetovske naklonjenosti do slovenskega naroda in Cerkve. Med prvimi državniki na svetu je priznal slovensko državno samostojnost, dvakrat pa nas je tudi osebno obiskal. Med prvim obiskom je mladim zaupal: 'Papež 'ma vas rad!' in nas vse spodbudil z ljudskim rekom: 'Korajža velja!'. Zavzel se je za to, da je lahko razglasil blaženega Antona Martina Slomška za nebeškega vzornika katoliške vere na Slovenskem in ljubezni do naroda in Cerkve," so še zapisali slovenski škofje.
Papež Janez Pavel II je bil eden največjih papežev moderne dobe. To je bil papež notranje prenove cerkve, dialoga z drugimi cerkvami in krščanskimi skupnostmi, z drugimi verstvi in sploh z ljudmi drugačnega prepričanja. Kot usmiljeni Samarijan se je sklanjal k narodom v njihovi stiski zaradi vojne, revščine, zaostalosti ter kršenja človekovih pravic in drugih krivic, je v izjavi za javnost zapisal koprski škof Metod Pirih.
Pravoslavni paroh Peran Bošković pa je dejal, da se je s tem končalo življenje velikega človeka, človeka izjemne vere. Kot je povedal Bošković, so za papeža ob bogoslužjih ves čas molili tudi pravoslavni verniki. Dejal je še, da pravoslavni verniki ob tej izgubi sočustvujejo z verniki rimskokatoliške cerkve v Sloveniji in drugod po svetu.
"V evangeličanski cerkvi v Sloveniji smo z žalostjo sprejeli vest o smrti papeža Janeza Pavla II. Papež je bil nedvomno velika osebnost, katere sadovi so in bodo še dolgo vidni, ne samo na verskem področju, temveč na obče človeškem področju. V imenu slovenske evangeličanske cerkve osebno izrekam katoliški cerkvi in njenim vernikom naše iskreno sožalje in sočutje," je povedal škof evangeličanske cerkve v Sloveniji Geza Erniša. Spomnil je tudi, da ne gre pozabiti, da so katoličani in luterani ravno v času pontifikata Janeza Pavla II. podpisali t.i. skupno izjavo o opravičenju po veri, kar je po njegovih besedah velik napredek v odnosu med obema cerkvama.