Računsko sodišče ocenjuje, da so nepravilnosti, ugotovljene pri preverjanju skladnosti poslovanja ministrstva s predpisi posledica slabosti in pomanjkljivosti pri delovanju sistemov notranjega kontroliranja. Ker so bile pomanjkljivosti pri delovanju tega sistema odkrite tudi pri preizkušanju transferov, mora ministrstvo v 60 dneh po prejemu revizijskega poročila računskemu sodišču predložiti odzivno poročilo. Ugotovljene nepravilnosti niso pomembne, a tudi ne zanemarljive, zato je računsko sodišče izreklo le mnenje s pridržkom, ne pa tudi negativnega mnenja.
Odkrite nepravilnosti se nanašajo na nepravilno oddajo javnega naročila za zamenjavo računalniške opreme v šolskem kadrovskem informacijskem sistemu, ki je bilo izvedeno na podlagi aneksa k pogodbi o vzdrževanju komunikacij za projekt ŠKIS, pri čemer gre za kršitev zakona o javnih financah. Računsko sodišče je nepravilnosti ugotovilo tudi pri knjiženju treh računov (nakup računalniških programov, računalniška uporabljivost zakonodaje in poštne storitve), ki so nastale zaradi nepravočasne oddaje dokumentacije na finančno ministrstvo. Računsko sodišče sklepa, da je bila najbolj verjetna vsota nepravilnosti 890.000 tolarjev.
Mnenje s pridržkom tudi notranjem ministrstvu
Mnenje s pridržkom je računsko sodišče izreklo tudi ministrstvu za notranje zadeve v zvezi z izvrševanjem finančnega načrta za leto 2000. Po mnenju sodišča odkrite nepravilnosti, ki se nanašajo na obračun plač in oddajo javnih naročil, niso pomembne, niti zanemarljive, odzivno poročilo pa ni potrebno, saj so bili ustrezni ukrepi za odpravo razkritih nepravilnosti sprejeti že med samim revizijskim postopkom. Vsota nepravilnosti pri odhodkih ministrstva je v skladu z revizijskim poročilom najverjetneje znašala 662,2 milijona tolarjev.
Ministrstvo ni oddalo vseh javnih naročil z javnim razpisom, kot bi bilo to dolžno storiti, je ugotovilo računsko sodišče. Brez javnega razpisa sta bili tako oddani javni naročili za nakup pisarniškega materiala in opreme za video nadzor, čeprav je vrednost presegla zakonsko določeno vrednost, za katero je potreben javni razpis.
