Kriminalistična preiskava oddelka za gospodarsko kriminaliteto Policijske uprave Maribor je bila posledica ovadbe zoper nekdanjega dekana fakultete Franca Perneka in nekdanjega rektorja mariborske univerze Ludvika Toplaka, ki jo je že pred več kot letom dni na upravno sodišče vložil član senata univerze in profesor na mariborski fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo Peter Glavič. V njej Glavič dokazuje, da je prišlo v primeru Kostanjevčevega magisterija in doktorata do kršitve zakona o upravnem postopku, kršitev pa je po Glavičevem mnenju posledica koruptivnosti, klientelizma in nepotizma v obdobju Toplakovega rektorstva.
Kot navaja Glavič, je Pernek, sicer Kostanjevčev svak, predsedoval senatu, ki je imenoval komisijo za odobritev doktorske disertacije, odobril temo in sprejel poročilo komisije. Obenem naj bi Pernek v obdobju svojega dekanovanja kot mentor sodeloval v postopkih za pridobitev doktorata in tako po prepričanju Glaviča kršil zakon o upravnem postopku. Glavič je o Pernekovem zasedanju več med seboj izključujočih se funkcij poročal komisiji za znanstveno raziskovalne zadeve, ki je nato predlagala prepoved mentorstva, vendar je oddelek za pravne zadeve univerze zavrnil predlog.
Po zavrnitvi predloga je Glavič od Toplaka zahteval, naj odloži Kostanjevčevo promocijo, vendar naj bi pri takratnem rektorju naletel na gluha ušesa. Toplak naj bi namreč Glaviču pojasnil, da sta bila v komisiji za zagovor disertacije poleg Perneka še dva člana in da zato do kršitev zakona ni prišlo oziroma ni bila "tako huda". Enako kot doktorat iz leta 2001 naj bi bil sporen tudi Kostanjevčev magisterij iz leta 1999.
Po pisanju sobotnega Dela je kriminalistično preiskavo potrdil tudi sedanji dekan fakultete Šime Ivanjko. Po njegovih besedah so kriminalistom izročili vso razpoložljivo dokumentacijo, obenem pa bodo naredili vse za razrešitev zapleta in ohranitev ugleda fakultete.
