Ovadbe zoper osumljene je sredi leta 1996 takratna vodja skupine državnih tožilcev za posebne zadeve Barbara Brezigar zavrgla, oškodovanec - Milan Smolnikar - pa je konec leta 1998 sam prevzel pregon. Na njegovo pobudo je bila v začetku 1999 uvedena preiskava zoper Darka Njavra, Simona Krejana, Andreja Podbregarja, Roberta Suhadolnika, Milivoja Turkoviča, Marka Pojeta in Dušana Mikuša. Po končani preiskavi je okrožno državno tožilstvo julija 1999 na pobudo Smolnikarjevega odvetnika prevzelo pregon prve četverice osumljenih, saj je ugotovilo, da za ostale tri ni zadostnih dokazov.
Tožilstvo obtoženim očita protipraven odvzem prostosti tajnemu sodelavcu policije Milanu Smolnikarju na grozovit način. V Depali vasi pri Ljubljani naj bi 20. marca 1994 obkolili Smolnikarjev avtomobil, razbili stekla, neznana oseba pa je Smolnikarja s topim predmetom udarila po glavi. Smolnikarja so prepeljali v Klinični center, kjer so ugotovili, da ima razpočne rane na glavi in obrazu, obtolčenine trebuha in prsnega koša, obeh zapestij, prsnega in ledvenega dela hrbtenice, levega kolena in vratu.
Pripadniki vojske naj bi delovali v skladu z zakoni
Janša je prepričan, da so pripadniki Slovenske vojske (SV) samo izvajali ukaze v okviru zakonov in pravil, ki sta jih sprejela vlada in ministrstvo za obrambo. Aretacija uslužbenca ministrstva za notranje zadeve (MNZ) Milana Smolnikarja, ki je "v času aretacije prevzemal zaupne vojaške dokumente", s pravnega vidika po tedanji zakonodaji ni bila sporna. Pripadniki SV so imeli za to vsa pooblastila, kar je med drugim ugotovila tudi parlamentarna pravna služba, je še poudaril Janša. V letih po aferi je Janša zbral večje število pričevanj in dokumentov, ki po njegovem mnenju dokazujejo zlorabo državnih institucij v politične namene, opozoril pa je tudi na številne ponaredke dokumentov.
Neposredno pred aretacijo naj bi se s Smolnikarjem srečal takratni inšpektor na MNZ Drago Kos, 23. marca 1994 pa so bila vsem policijskim postajam poslana navodila, kako naj uniformirana policija spremlja delovanje pripadnikov ministrstva za obrambo. Gre za dokument, ki tedanjo uniformirano policijo "postavlja v status politične policije brez velikega sramu", meni Janša, ki razpolaga tudi s poročili kot odgovori na ta poziv. Državni zbor je zaradi afere 29. marca 1994, na predlog premiera Drnovška, s tajnim glasovanjem razrešil Janšo s položaja obrambnega ministra.
Načrt za policijski udar v državi?
Janša je na novinarski konferenci izpostavil, da je posebna skupina notranjega ministrstva že februarja 1994 izdelala načrt "Okviri in načrti ukrepov za zagotovitev ustavnosti in zakonitosti", v okviru katerega bi policija "pod krinko obrambe ustavnega reda" prevzela nadzor nad vsemi institucijami v državi. Načrt naj bi vključeval tudi odstranitev obrambnega ministra, na podlagi tega dokumenta pa so po Janševih trditvah dejansko izvajali operativne operacije v času njegove odstavitve z obrambnega ministrskega položaja. Ena od teh je bila mobilizacija skoraj celotnega policijskega sestava, pa tudi deloma odkrita policijska zasedba državnega zbora.
