Drnovšek je bil na mesto predsednika vlade izvoljen še trikrat. Predsednik prve slovenske vlade, izvršnega sveta skupščine Republike Slovenije, je bil od leta 1990 do 1992 Lojze Peterle, predsednik predzadnje vlade leta 2000 pa Andrej Bajuk.
Po razpadu Demosa ob koncu leta 1991 in dveh poskusih zamenjave predsednika vlade Lojzeta Peterleta je tretji poskus uspel. Po izglasovanju konstruktivne nezaupnice Peterletovi vladi v parlamentu 22. aprila 1992, ki jo je LDS predlagala 27. marca 1992, je bil za mandatarja za sestavo nove vlade izvoljen predsednik LDS Janez Drnovšek. V njegovi prvi, 27-članski vladi, ki je bila v parlamentu potrjena 14. maja, so poleg LDS sodelovali še DSS (Demokratska stranka Slovenije, nastala po razpadu Slovenske demokratične zveze - SDZ), SDP (Stranka demokratične prenove), SSS (Socialistična stranka Slovenije), ZS (Zeleni Slovenije), SDSS (Socialdemokratska stranka Slovenije) in neodvisni člani vlade. V opoziciji so ostale SKD, SLS, LS (Liberalna stranka) in NDS (Narodno demokratska stranka, nastala po razpadu SDZ). Za Drnovškov kabinet je od 170 navzočih glasovalo 132 poslancev, 30 pa jih je bilo proti. Dotedanja Peterletova vlada je svoje delo opravljala dve leti.
Podpredsednik vlade za splošne zadeve v novi vladi je bil Jože Pučnik (SDSS), za gospodarstvo Herman Rigelnik (nestrankarski), za družbene dejavnosti pa Viktor Žakelj (SSS). V vladi je bilo 22 resornih ministrov in minister brez listnice. Ministrska mesta so zasedli Janez Kopač iz LDS (za finance), katerega je po razrešitvi 10. junija 1992 nasledil nestrankarski Mitja Gaspari, Igor Bavčar iz DS (za notranje zadeve), Dimitrij Rupel iz DS (za zunanje zadeve), Janez Janša iz SDSS (za obrambo), Miha Kozinc iz LDS (za pravosodje in upravo), nestrankarski Davorin Kračun (za planiranje), neodvisni Franc Avberšek (za energetiko), Maks Tajnikar iz SDP (za malo gospodarstvo), nestrankarski Dušan Šešok (za industrijo in gradbeništvo), nestrankarski Jožef Jeraj (za trgovino), katerega je po razrešitvi 23. septembra 1992 nasledil Davorin Valentinčič, nestrankarski Janez Sirše (za turizem in gostinstvo), Jože Protner iz LDS (za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano), Marjan Krajnc iz SDSS (za promet in zveze), Miha Jazbinšek iz ZS (za varstvo okolja in urejanje prostora), Jožica Puhar iz SDP (za delo), Božidar Voljč iz ZS (za zdravstvo, družino in socialno varstvo), Ana Osterman iz SDP (za borce in vojaške invalide), Slavko Gaber iz LDS (za šolstvo in šport), Peter Tancig iz ZS (za znanost in tehnologijo), Borut Šuklje iz SSS (za kulturo), nestrankarski Alojz Janko (za zakonodajo), Jelko Kacin iz DS (za informiranje) in Janko Prunk iz SDSS (za Slovence po svetu in narodnosti v Sloveniji).
Drnovšek je na glasovanju o konstruktivni nezaupnici 22. aprila 1992 dobil 126 glasov poslancev (zadostovalo bi jih 121). Glasovalo je 208 poslancev. Peterletovi vladi je bila z Drnovškovo izvolitvijo izrečena nezaupnica, vendar je morala po ustavi svoje delo opravljati do zaprisege nove vlade. V dveh mesecih so bili trije poskusi njene zamenjave. Marku Voljču, ki so ga za mandatarja predlagali neodvisni poslanci, je za izvolitev v parlamentu 19. februarja zmanjkalo šest glasov, kandidatu t. i. male sredinske koalicije DS, SDSS, ZS, SSS in neodvisnih Igorju Bavčarju pa 8. aprila kar 23 glasov.
Po volitvah v parlament konec leta 1992 in zmagi LDS je Drnovšek drugič sestavil vlado, ki so jo poslanci potrdili 25. januarja 1993 in v kateri so poleg vodilne stranke sodelovale še SKD, ZLSD (predvolilna koalicija SDP, DeSUS in Delavske stranke Slovenije - DSS) in SDSS. Slednja je iz vladne koalicije izstopila po razrešitvi Janeza Janše s položaja obrambnega ministra marca 1994 zaradi t. i. afere Depala vas, ZLSD pa v začetku volilnega leta 1996 zaradi kritik njihovega ministra Maksa Tajnikarja.
Po parlamentarnih volitvah novembra 1996 je takrat še samostojna SLS sodelovala v koalicijski vladi z LDS in DeSUS, ki je bila imenovana 27. februarja 1997. Pred tem, 6. februarja 1997, je DZ namreč zavrnil prvi Drnovškov predlog, po katerem bi bili v vladi ministri iz LDS, ZLSD, DeSUS in SNS. Ker vlada ni bila potrjena, je mandatar in predsednik LDS po dolgem usklajevanju 17. februarja 1997 s SLS podpisal koalicijski sporazum o sodelovanju v vladi, ki sta ga stranki sredi leta dopolnili z aneksom.
Parlament je 8. aprila 2000 izglasoval nezaupnico tretji Drnovškovi vladi, 7. junija pa je v drugem krogu potrdil listo 17 ministrskih kandidatov, ki jo je enako kot v prvem krogu v DZ predložil mandatar za sestavo vlade Andrej Bajuk. S tem se je končala dvomesečna vladna kriza, ki je nastopila po izglasovani nezaupnici. Prehodna vlada z ministri iz vrst združene stranke SLS+SKD Slovenske ljudske stranke in SDS je tako nadomestila koalicijsko vlado LDS, SLS in DeSUS pod Drnovškovim vodstvom. Izmed 18 članov vlade, skupaj s premierom, je bilo tako od začetka osem članov združene stranke SLS+SKD, pet članov SDS, pet pa nestrankarskih kandidatov. Razmerje se je kasneje nekoliko spremenilo zaradi izstopa podpredsednikov SLS+SKD, Andreja Bajuka in Lojzeta Peterleta, iz stranke. Bajuk je ustanovil svojo stranko Nova Slovenija - Krščanska ljudska stranka (NSi), v njej pa se mu je pridružil tudi Peterle.
Potem ko se je 27. oktobra 2000 po parlamentarnih volitvah sestal nov državni zbor, je v skladu z ustavo prenehala funkcija predsednika vlade Bajuka in ministrov v njegovi vladi, ki pa so morali opravljati tekoče posle do izvolitve novega predsednika vlade oziroma do imenovanja novih ministrov. S potrditvijo v DZ je bila 30. novembra 2000 imenovana sedanja šesta slovenska in četrta vlada predsednika LDS Janeza Drnovška, ki je bil za mandatarja izvoljen 16. novembra 2000. Sestavil je veliko koalicijo štirih strank (LDS, ZLSD, SLS+SKD in DeSUS), s SMS pa podpisal dogovor o sodelovanju, s čimer si je zagotovil močno podporo tako v vladi kot v parlamentu. V 14-članski ministrski kabinet je bilo vključenih osem ministrov LDS ter po trije ministri ZLSD in SLS+SKD Slovenske ljudske stranke.
Sicer je prvo vlado po prvih večstrankarskih volitvah, takrat še v okviru nekdanje Jugoslavije, leta 1990 oblikovala predvolilna koalicija Demos oziroma predsednik vlade Lojze Peterle iz vrst SKD. Ti so skupaj s še petimi strankami (SDZ, SLS, SDSS, ZS in LS) sestavljali koalicijo Demos pod vodstvom Jožeta Pučnika (SDSS).