Slovensko veselje nad razglasitvijo neodvisnosti je v noči s 26. na 27. junij prekinila vest, da so se enote JLA iz vojašnic napotile proti mejnim prehodom, da bi Slovenijo odrezale od sveta in preprečile njeno neodvisnost. 27. junija je predsedstvo Slovenije v razširjeni sestavi ugotovilo, da je na Slovenijo izvršena agresija JLA in da se aktivirajo vsi ukrepi iz predhodno pripravljenega obrambnega načrta, tudi uporaba oboroženih sil slovenske teritorialne obrambe in policije.
Predsedstvo je tudi pozvalo vse slovenske vojake in časnike, da zapustijo JLA. Ukrepanju svojih oboroženih sil, ki so takoj blokirale vse vojašnice in postavile barikade na cestah, se je množično pridruževalo civilno slovensko prebivalstvo. Začela se je desetdnevna slovenska osamosvojitvena vojna. JLA je bila prepričana v hiter uspeh in ni računala na odpor slovenskega vodstva, teritorialne obrambe, prebivalstva in medijev.
Spopad, čeprav nekajdneven, je bil za Slovenijo prava vojna. Terjala je tudi žrtve: na strani JLA je padlo 39 in bilo ranjenih 139 vojakov, slovenske oborožene sile pa so imele 8 mrtvih in 89 ranjenih, ubitih pa je bilo tudi 13 civilistov. Ves čas spopadov so tekla diplomatska prizadevanja, ki so 7. julija pripeljala do podpisa deklaracije, ki je pomenila konec vojne. Za slovenske osamosvojitvene ukrepe je bil sprejet trimesečni moratorij, v času katerega je Slovenija nadaljevala diplomatsko dejavnost. Ta je pripeljala do mednarodnega priznanja Slovenije kot samostojne države, ki jo je 25. oktobra 1991 zapustil zadnji vojak JLA. 22. maja prihodnjega leta je Slovenija postala polnopravna članica Združenih narodov. Sicer pa imajo slovenska državnost in prizadevanja Slovenije za samostojnost dolge korenine, njihovo krepitev pa je pomenila že pluralizacija kulture in znanosti konec 70. in v začetku 80. let; ta pluralizacija je prehitevala politično. Politiki in gospodarstveniki so se nasprotovanju centralizaciji in težnjam po demokratizaciji pridružili v drugi polovici 80. let. Nova revija št. 57 in proces proti JBTZ ter s tem v zvezi nastanek Odbora za varstvo človekovih pravic so težnje okrepili in med drugim pospešili nastajanje opozicijskih političnih gibanj in strank. Te so jasneje kot uradna slovenska oblast zahtevale suvereno slovensko državo in spremembo slovenske ustave za zagotovitev političnega pluralizma, ekonomske suverenosti in pravice do samoodločbe. Kljub nasprotovanju jugoslovanskih oblasti je Slovenija leta 1989 uzakonila večstrankarski sistem, naslednje leto pa so bile izvedene prve večstrankarske volitve, na katerih je opozicija zmagala nad strankami, ki so pomenile kontinuiteto s prejšnjim sistemom.
V razpravah o položaju Slovenije v SFRJ je bil leta 1990 še govor o konfederaciji, potem pa je bila sprejeta odločitev o plebiscitu o samostojnosti in neodvisnosti Slovenije. Izveden je bil 23. decembra 1990, ki je zdaj državni praznik Dan samostojnosti, od 93,2 odstotka udeleženih upravičencev pa jih je za samostojnost glasovalo 95 odstotkov. Odločitev, šlo naj bi za razdružitev in ne odcepitev, je bilo treba uresničiti v šestih mesecih. To se je zgodilo 25. junija 1991, ko je bila formalno uvedena državna samostojnost.
