Vse od izbruha pandemije novega koronavirusa SARS-CoV-2, ki povzroča bolezen covid-19, poteka še posebej intenzivno iskanje protiteles za zdravljenje tega virusnega obolenja. V te napore je s svojo infrastrukturo vključeno tudi Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje (SLING).
Poleg superračunalnikov na Inštitutu Jožef Stefan in ARNES je bistven tudi prispevek superračunalnikov konzorcija HPC RIVR na Fakulteti za informacijske študije v Novem mestu ter Univerzi v Mariboru, kjer največji javni prototipni superračunalnik HPC Maister k projektu prispeva kar 3.000 računskih jeder. SLING je med dva tisoč najaktivnejšimi skupinami izmed skupno 250.000 trenutno sodelujočih v projektu, ki skupaj zagotavljajo na okoli milijon povezanih računalnikih skupno računsko zmogljivost (okoli 1,2 exaflopsa ali 1,2 milijarde milijard računskih operacij na sekundo). Rezultati računalniških simulacij pomagajo znanstvenikom bolje razumeti obnašanje različnih oblik proteinov in s tem omogočajo hitrejše določanje njihove potrebne specifične oblike za uspešno zdravljenje številnih bolezni. V tem času še posebej pri iskanju protiteles za zdravljenje virusnega obolenja covid-19.
Kaj so proteini?
Proteini so dolge verige aminokislin, ki določajo biodinamiko živih bitij. Kot protitelesa prepoznajo invazivne elemente in imunskemu sistemu omogočijo, da se jih znebi. Da pa lahko opravijo to funkcijo, morajo zavzeti določeno obliko. V naravi to poteka samodejno v določenem časovnem obdobju, pri čemer pa uspeh ni vedno zagotovljen.
Z razumevanjem oblikovanja proteinov pa lahko ta postopek v laboratorijih bistveno pospešijo in zagotovijo njegovo uspešnost. V zadnjih desetletjih v te namene uporabljajo zahtevne matematične modele in računalniške simulacije, s katerimi napovedujejo delovanje različnih oblik proteinov. Pri tem je treba računsko preizkusiti veliko število različnih oblik proteinskih verig in njihovih variacij, za kar je potrebna velika računska moč. Projekt Folding@home omogoča, da se to opravilo deli med številnimi razpoložljivimi računalniki različne konfiguracije po svetu, ki so povezani v računalniško omrežje.
"Izjemno smo veseli, da lahko z razpoložljivo superračunalniško infrastrukturo v okviru konzorcija HPC RIVR in SLING pomembno prispevamo k skupnim naporom svetovne raziskovalne skupnosti pri iskanju učinkovitega zdravila za zdravljenje virusnega obolenja covid-19," pravi vodja projekta HPC RIVR, prof. dr. Zoran Ren, prorektor za raziskovalno dejavnost na Univerzi v Mariboru. "Verjamemo, da bomo z združeno uporabo svetovnih superračunalniških zmogljivosti za izvajanje zahtevnih računalniških simulacij bistveno prispevali k hitrejšemu iskanju učinkovitih zdravil tako za covid-19 kot tudi za druga obolenja, ki jih lahko zdravimo s proteinskimi protitelesi," je še dodal Ren.
KOMENTARJI (24)
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.