Podjetja se bodo morala z vstopom v EU odzvati na dva pomembna sklopa posledic. Kot prvo bo na naš trg prišla huda konkurenca tujih podjetij, kar bo od domačih podjetij zahtevalo večjo konkurenčnost in učinkovitost ter pripravljenost vstopanja na tuje trge. Prav slednje pa je največji problem, saj zaenkrat le 23 odstotkov slovenskih podjetij izvaža, medtem ko se ostali zanašajo na prodajo na domačem trgu.
Druga posledica vstopa pa bo sprememba zunanjetrgovinskega režima, v katerem Slovenija ne bo imela več samostojnih dogovorov z drugimi državami, kar pomeni ukinitev prostotrgovinskih sporazumov, ki jih ima Slovenija sklenjenih kar 37. Pri tem bo imela Slovenija največ težav z izvozom na Hrvaško in v Makedonijo, s katerima ima EU sicer že sklenjena stabilizacijsko asociacijska sporazuma, izvozne možnosti na ta dva trga pa se bodo zmanjšale kar za 2,7 odstotka blaga, kar bo prizadelo 1,5 odstotka slovenskega izvoza v ti dve državi. Negativne posledice pa bo občutilo predvsem kmetijstvo in živilska, lesna, papirna, naftna, kemična ter gumarska industrija.
